Моделирование по гомологииУчебные материалы по биологии / Проблемы моделирования трехмерной структуры белков. Методы их решения / Моделирование по гомологииСтраница 2
· Оценка качества, оптимизация и использование модели. Самый сложный этап моделирования по гомологии - оптимизировать модель с учётом всей доступной биологической информации по моделируемому белку. Вообще, моделирование структуры по гомологии с белком, выполняющим отличную функцию, не способно автоматически дать модель, пригодную для практически важных задач.
Низкая гомология (<30% идентичности) часто уже не может быть корректно идентифицирована с помощью парного выравнивания последовательностей из-за слишком большого числа накопившихся замен, «маскирующих» последовательность белка, который, возможно, всё же сохранил определённое структурное сходство с каким-либо известным белком-«шаблоном». В этом случае часто используют методики поиска по профилям последовательностей, в которых для «запроса» к базе последовательностей используется не одиночная последовательность, а профиль, сконструированный на основе множественного выравнивания - своеобразная метапоследовательность, кодирующая в себе эволюционную вариабельность данного белка. С помощью этой методики иногда удаётся «вычислить» пригодный для моделирования структурный шаблон, несмотря на то, что идентичность последовательностей с ним составляет лишь 10-15%. Если же ни с помощью «традиционных» подходов поиска гомологичных последовательностей, ни с помощью профилей найти структурный гомолог не удаётся, единственный способ получить предсказание - это de novo методы.
Смотрите также
Биоэлектрические явления
Введение
Электричество
у рыб человек обнаружил еще в глубокой древности. Например, древние греки
остерегались встречаться в воде с рыбой, которая, как писал Аристотель,
"заставл ...
Выведение нового гибрида помидор
...
Генная инженерия
ВВЕДЕНИЕ
Генная инженерия (синонимы: генетическая инженерия, ДНК-технологии) - это
отрасль биологической технологии, задачей которой является конструирование in vitro новых молекул ...